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Hello，我是大家今日熱點分享的小編Eric，我又來了！入秋天氣寒冷記得添衣。
題外話：
小編整個十一假期把神雕俠侶重溫了一遍，被“相貌平平無奇”古天樂神仙顏值傾倒的同時梳理了下他的習武過程：楊過學了好幾門頂級武功卻多而不精，即使他有超高的天賦也不可能在有限的時間內挨個精通，所以劇情過半他也沒能打敗金輪法王。經過不斷琢磨后楊過取各武學之長融會貫通，最終創造了“黯然銷魂掌”才天下無敵。
那么它跟我們今天要分享的文章有什么關聯呢？
小編最近在檢索文獻的時候發現一個有意思的現象：
兩個熱點方向之間聯合預后分析越來越多，比如說m6A關聯假基因、鐵死亡關聯腫瘤干性、m6A關聯鐵死亡等，且發的文章影響因子普遍不低（IF>5），為什么會出現這樣的現象呢？小編有以下大膽的猜測：
1、單個熱點方向預后分析編輯和審稿人早已司空見慣
2、各個熱點基本已經有人做過，且很難有新的熱點方向可做，即使有也很難在速度上取勝
3、癌癥作為一種復雜疾病是由多種因素造成，非單一因素引起，單個方向研究太片面
綜合以上考慮，小編認為多熱點方向串擾機制研究比單一方向預后signature更能得到審稿人的青睞。是你沒有單細胞分析也能吸引到審稿人的良方。當然不管什么放在一起總得有理有據，不能毫無原由就摻和在一起，畢竟燴菜個人感覺不太好吃，蓮藕燉排骨還是非常棒的。
近期熱點聯合分析生信文章部分文章展示
Theranostics(IF:11+;已接收未發表)
N6-methyladenosine-associated prognostic pseudogenes contribute to predicting immunotherapy benefits and therapeutic agents in head and neck squamous cell carcinoma
接下來就給大家展示最新的這篇中山大學腫瘤研究中心發表的11分文章
流程圖（依然是課題內容豐富且高大上的趕腳）
背景：
偽基因作為蛋白質編碼基因的非功能同源物，通常是由基因內多個無義突變的積累引起的。假基因由于缺乏蛋白質編碼能力或細胞基因表達而一度被視為“遺傳化石”，但越來越多的證據表明，一些假基因已被確定參與多種生物學功能，并通過充當競爭性內源性RNA（ceRNA）來調節其親本轉錄。
N6-甲基腺苷（m6A）是mRNA和非編碼RNA中的一種常見 RNA修飾，可以影響RNA剪接、翻譯、穩定性以及某些非編碼 RNA 的表觀遺傳影響
偽基因也被m6A修飾（ref:27376769；Nat Methods;IF:47）。假基因和m6A與宿主抗腫瘤免疫反應顯著相關，可能是乳腺癌免疫治療的潛在生物標記物。此外，非腫瘤細胞系中假基因m6A位點的功能研究表明m6A在清除不必要的加工假基因以減輕其對同源蛋白編碼基因表達的干擾方面具有新的進化作用。然而，關于m6A相關假基因的功能是什么，以及它們是否可以預測HNSCC的免疫治療益處和治療藥物，仍然有待研究。
數據：
TCGA：HNSC
GEO：GSE65858
免疫治療隊列：UC cohort from Snyder and the UC cohort from Mariathasan
結果：
一、識別和驗證m6A相關的預后假基因
A：m6A調控因子在腫瘤和正常中表達失調和臨床病理特征展示
B：m6A調控因子相關性分析
C：m6A調控因子蛋白互作網絡構建
D：相關性、單因素cox回歸、多因素cox回歸共同篩選m6A相關假基因
E：m6A調控因子與假基因相關性熱圖展示
F：森林圖展示m6A相關假基因在癌癥中的預后價值
G-J：lasso-cox構建m6A相關假基因預后signature，K-M、ROC曲線評估signature在TCGA訓練集和GEO驗證集中的預測效能
二、m6A相關假基因siganture可作為頭頸鱗癌的獨立預后因子
A：樣本的m6A相關假基因預后signature評分點圖以及高低評分組signature包含因子表達展示
B：臨床病理因素（包含m6A相關假基因預后signature）與OS的單因素和多因素cox回歸森林圖
C-D：中山大學32樣本隊列中生存分組間signature包含因子q-PCR結果熱圖、像是圖展示
E-G：m6A調控因子、signature包含原癌假基因、signature包含抑癌假基因在HNSCC 中的預后價值
三、m6A相關假基因與抗腫瘤免疫反應顯著相關
A：高低風險分組間原癌和抑癌m6A相關假基因表達差異展示
B：高低風險分組間腫瘤免疫微環境中免疫細胞浸潤差異展示
C-F：高低風險分組間T細胞耗竭相關基因、抗原呈遞基因、干擾素因子、蛋白激酶活性調控因子表達差異展示
G-K：signature包含假基因對HNSCC進行了聚類得到了兩個亞型，不同的亞型間生存存在顯著差異
四、m6A相關假基因能夠通過miRNA調控免疫基因
A：基于數據庫構建了假基因-miRNA-靶基因ceRNA 網絡構建，并對關鍵ceRNA調控軸進行桑基圖展示
B-O：siRNA、WB等實驗方法驗證了關鍵的 假基因-miRNA-靶基因 調控軸的調控關系
五、m6A相關假基因預后signature高評分組對免疫治療更敏感
A：免疫治療預測相關指標：TIDE得分、MSI評分（微衛星不穩定）、免疫排斥、M2型巨噬細胞浸潤差異
B-D：細胞功能障礙評分、MDSC、CAF得分、TIS（tumor inflammation signature）差異
E：腫瘤純度特征：ABSOLUTE、 IHC,、CPE、 ESTIMATE得分差異
F-I：兩個尿路上皮癌免疫治療隊列K-M生存曲線、ROC曲線評估m6A相關假基因預后signature對免疫治療的預測效果
六、識別和實驗驗證signature高評分組的潛在治療策略
A-B：CTRP數據庫鑒定的化合物與signature的相關性、以及高低風險分組間它們的藥物反應AUC差異
C-D：PRISM數據庫鑒定的化合物與signature的相關性、以及高低風險分組間它們的藥物反應AUC差異
E-F：綜合多個指標共同篩選到doxorubicin和topotecan對signature高評分組HNSCC有更好的治療效果
F-J：細胞系實驗驗證doxorubicin和topotecan對signature高評分組HNSCC的治療效果
總結：
文章分享完畢，是不是覺得11分的生信也沒有那么難。作者基于m6A與假基因存在調控的理論依據，首先篩選了與m6A相關的假基因，對m6A相關假基因構建了能夠預測HNSCC預后及免疫治療臨床獲益的signature，對signature包含的假基因的ceRNA調控機制、篩選的潛在治療化合物進行了實驗驗證就得到了一篇11分的文章。
小編列出的三篇多熱點聯合分析的預后文章中兩篇都稍加實驗作為結果的支撐，這固然是審稿人、編輯們喜歡的趨勢。但是如何合理的將熱點關聯起來、加以實用的生信挖掘、確切的實驗驗證，三者融會貫通才能打出漂亮的組合拳是關鍵，并不能像以前簡單合并不分主次、只關聯免疫相關基因才能贏得審稿人的心。掃碼提供你的想法，生信人為你定制專屬版熱點聯合“黯然銷魂掌”武功秘籍！
