大家一定想不到,壞死性凋亡最近又出新文章了!就在今年7月27日,Frontiers in Immunology(IF:8.786)發表了一篇壞死性凋亡lncRNA相關的文章,先別著急劃走,這種識別壞死性凋亡相關lncRNA的方式,小編的確是第一次看到。在檢索了大量文獻之后,驚喜地發現這是壞死性凋亡lncRNA“推陳出新”第一篇!

背景
肝細胞癌是全球第三大最普遍的癌癥相關死亡原因。
……_……不寫了,反正沒人仔細看
壞死性凋亡(necroptosis)主要由PRK1、RIPK3、RIP1、MLKL等介導,在調節癌癥生物學中的作用主要包括腫瘤發生、癌癥轉移和抗腫瘤免疫。研究表明,在壞死性凋亡和抗癌免疫之間存在著緊密的串擾,它與免疫檢查點抑制劑顯示出協同增強的抗腫瘤能力。系統全面地探索壞死性凋亡與免疫腫瘤微環境(TME)之間的關系更容易提高理想的免疫治療效果。
lncRNA與炎癥反應、免疫浸潤和免疫治療密切相關,但lncRNA和壞死性凋亡在抗腫瘤作用中的作用仍未得到廣泛的探索,綜合分析可能為肝細胞癌患者的臨床管理開辟新的見解和思路。
流程圖

好豐富有木有,驚到小編的一點就在于篩選壞死性凋亡相關lncRNA的方式,就在Step I。
以往的方式或者常見的方式有三種:1.計算不同組間差異表達的壞死性凋亡基因,基于相關性篩選壞死性凋亡基因的lncRNA,計算不同組間差異表達lncRNA,兩者取交集作為候選lncRNA;2.計算不同組間差異表達lncRNA,基于相關性篩選壞死性凋亡基因的lncRNA,兩者取交集作為候選lncRNA;3.基于相關性篩選壞死性凋亡基因的lncRNA,單變量cox篩選預后(也可以是其他限定條件)相關lncRNA,兩者取交集作為候選lncRNA。這三種方式其實都是計算差異,無非就是拆分再組合,可視化為下圖

但這篇文章是怎么做的呢?原文貼出來(其實小編是不想打字)

拍大腿,之前怎么沒想到用WGCNA識別候選壞死性凋亡相關lncRNA,WGCNA作為眾多方法之一,壞死性凋亡相關lncRNA作為眾多研究對象之一,它們倆走到一起也很正常啊,那是不是其實早就有人這么做了呢?小編趕緊打開PubMed搜索necroptosis、lncRNA、WGCNA、necroptosis-related lncRNA,無論怎么組合關鍵詞,在這之前,它就是沒有這么做的,驚喜又意外,噔噔噔噔,趕緊跑來跟大家分享。
那這篇文章就這一個亮點嗎?仔細看下去,又發現了不一樣的地方。小編把這篇文章大致的結果放出來,看看我們之間有沒有默契:
壞死性凋亡在肝細胞癌TME中的作用

篩選與壞死性凋亡相關的lncRNA和識別異質性亞型


壞死性凋亡亞型的顯著性預后價值

壞死性凋亡亞型的驗證

壞死性凋亡亞型獨特的分子特征和臨床特征


肝細胞癌患者免疫治療的綜合評估

肝細胞癌患者潛在治療藥物的開發


Over
總的來說,這篇文章基于壞死性凋亡相關lncRNA揭示了肝細胞癌的腫瘤異質性,區分了兩種亞型,并進一步揭示了不同的臨床結果、基因組景觀、生物學行為和免疫特征等亞型間異質性的分子特征,為肝細胞癌患者的個體化治療策略的腫瘤異質性提供了新的見解。
你要說差不多水平的文章可不就是這個唄,那還是掃碼了解詳情,生信人告訴你亮點不止一個,怎么做才能環環相扣,抓住審稿人的心!