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經過昨天對腫瘤巨噬細胞的刻畫后，大家對TAM應該有了個全面的了解了，也紛紛在表單中留言咨詢與之相關的項目，那么今天就跟大家分享下巨噬細胞在生信分析中的花式做法
非腫瘤疾病篇
昨天跟大家分析了巨噬細胞在各種非腫瘤疾病中的重要角色，不知道研究這些疾病的親們有沒有對自己研究的疾病在巨噬細胞的方向繼續做專向調研，沒有的話要抓緊了！
因為很多非腫瘤疾病的嚴重程度跟巨噬細胞極化相關，所以小編給大家推薦的非腫瘤疾病的巨噬細胞個性化思路當然是巨噬細胞分型識別+潛在藥物挖掘：基于反卷積法計算樣本的各個巨噬細胞類型比例；通過聚類識別疾病中的巨噬細胞相關亞型，分析不同的亞型巨噬細胞類型的差異關聯表型的差異；針對于表型特異性巨噬細胞marker做潛在的藥物篩選，達到個性化治療效果。
當然還有其它次選思路或者有自己的想法可以直接聯系
非腫瘤疾病巨噬細胞
個性化課題設計
（需要新創建一個）
腫瘤篇
研究腫瘤的方式就要比非腫瘤疾病多了，因為不僅能做分型還能做預后，小編經過文獻調研也給大家粗略總結了幾個方向
預后signature+ceRNA
分型+免疫治療
單細胞巨噬細胞互作分析
bulk+scRNA研究TAM的高分思路（見昨天副推）
如果對對生信不太懂，不能get到小編的意思那么也可以掃碼，進行更細節的溝通
腫瘤相關巨噬細胞
個性化課題設計
接下來小編將會給大家細節展示近期一個腫瘤研究TAM的文章，文章于今年9.13發表于Frontiers in?Immunology（IF：8.7）
構建M2型腫瘤巨噬細胞相關marker預后signature揭示肝細胞癌中免疫景觀和潛在用藥
流程圖（提示：盡量把所作工作豐富、清晰明了展示給審稿人）
數據：
bulk RNA：TCGA-LIHC（訓練集） 、GSE76427+ICGC-LIRI-JP（去批次效應作為測試集）
sc-RNA：GSE125449
結果：
一、結合WGCNA篩選肝細胞癌M2型巨噬細胞marker
1、CIBERSORTx計算了M1、M2型巨噬細胞比例，K-M曲線分析對于HCC的預后價值（AB圖；M2型結果更適合分析遂分析M2型巨噬細胞：M2型抑制免疫，高的浸潤水平預后更差）
2、WGCNA篩選M2型巨噬細胞關鍵模塊和基因（紅色模塊405基因；C-G圖）
單細胞隊列篩選TAM marker
對單細胞數據進行質控（A-E圖）
t-SNE降維及細胞注釋（免疫和非免疫細胞；FG圖）
篩選得到M2型TAM-related genes 2047個（H圖）
結合bulk RNA 和scRNA數據共同篩選M2型TAM相關的預后marker
M2型TAM相關marker（二和三的結果取交集；圖A）
Cox回歸篩選預后相關M2型TAM marker,進一步使用lasso回歸篩選預后signature組成的關鍵因子（8個關鍵的M2型TAM marker；圖BC）
對篩選到的M2型TAM marker進行功能注釋（圖D）
對篩選到的M2型TAM marker進行聚類分析，識別肝細胞癌M2型巨噬細胞相關亞型，并做生存差異展示（圖E-H）
M2型TAM相關預后signature
1、根據關鍵的M2型TAM相關marker lasso回歸系數和表達計算預后signature風險評分，根據最佳cutoff將HCC劃分高低風險分組，評估M2型TAM相關預后signature的預測效能（圖A-C）
2、預后signature可作為HCC的獨立預后因子（單因素和多因素cox回歸；圖DE）
3、預后signature與其他預測指標的C-index指數比較（圖F）
4、預后signature關聯的GSEA功能研究（圖G）
M2型TAM相關預后signature預測效能的外部獨立數據集驗證
1、在ICGA和GEO隊列合并的測試集中預后signature展示出與訓練集同樣顯著預測效能（圖A-C）
2、結合其它的臨床因素和預后signature構建列線圖更全面評估HCC患者預后（圖D-F）
M2型TAM相關預后signature的臨床病理學特征分析
1、預后signature高低風險分組間臨床病理特征分布差異展示（圖AB）
2、在不同的臨床病理學特征中，預后signature 任然是高風險評分組生存顯著比低風險組更差（圖C-J）
M2型TAM相關預后signature相關的免疫細胞、免疫功能、免疫治療前景
1、預后signature高低風險分組間免疫細胞浸潤差異展示（圖A）
2、預后signature高低風險分組間在不同的免疫功能上的差異展示（圖B）
3、預后signature高低風險分組間免疫治療指標和檢查點表達差異（圖CD）
M2型TAM相關預后signature相關的潛在抗癌藥物
1、預后signature包含的因子與化療藥物敏感性的相關性展示（圖A）
2、預后更差的高風險分組10種潛在治療藥物的篩選（圖B-K）
M2型TAM相關預后signature包含的特征基因組織表達展示
1、預后signature包含因子在 肝細胞癌患者 vs 正常樣本 中的差異展示（圖A）
2、預后signature包含因子在 肝細胞癌患者 vs 配對正常樣本 中的差異展示（圖B-F）
小結：
這篇研究肝細胞癌M2型巨噬細胞預后signature的文章到這里就分享結束了。雖然frontiers系列期刊飽受質疑，但是Frontiers in?Immunology還是相對靠譜的，那么一點實驗也沒做影響因子為什么能到8分，小編大膽的猜測了下：
涉及單細胞分析，雖然不多但是架不住趨勢就是這樣，多維度審稿人也喜歡
分析方法和內容較全：WGCNA、聚類、lasso、單細胞、功能、預后、耐藥、TME
最重要的還是火爆的：腫瘤相關巨噬細胞
當然簡單的、復雜的各種TAM思路我們都有，看你怎么選擇了
