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銅死亡相信已經不用贅述了，今天不講分子機制，也不講分析套路。我們一起來看看兩個月的時間，到底出了多少文章。咱們直接上結論，目前包括預印本在內，一共10篇。其中已經接受或者發表的2篇，預印本8篇。預印本的8篇中，2篇處于under review。除了2篇泛癌之外，涉及的癌型包括黑色素瘤、透明細胞腎癌、急性髓系白血病、結直腸癌、胃癌、胰腺癌、肺腺癌。文章思路涉及LASSO cox依賴的預后模型、腫瘤分子分型和lncRNA。影響因子范圍在2.754 ~ 5.81之間。從發現熱點到文章接收，最快的大佬只花了48天。
當然了，撞車不可怕，搶發也不可怕；可怕的是啥都不知道，送到審稿人手里才被告知有已發表的，所以趕緊收藏這個表格。如果本身做的就是非常規的思路，那大可不必擔心。如果已經撞車或者思路簡單怕沒別人快，那就馬上進行調整。針對各種情況，小編會給出相應的解決方案，這個時候需要相信生信的速度優勢，畢竟從頭做一個也花不了多久，知己知彼之后再彎道超車是非常容易的。
統計結果如下：
| 疾病類型 | 核心 | 單位 | 狀態 | 期刊 |
|---|---|---|---|---|
| 黑色素瘤 | 單基因 | 華山醫院 | 發表 | Front Pharmacol. IF: 5.81. 醫學2區 |
| 透明細胞腎癌 | LASSO模型 | 浙大公衛 | 發表 | Genes. IF: 4.096. 生物3區 |
| 結直腸癌 | 模型+分型 | 盛京醫院 | 審稿 | Lipids Health Dis. IF: 3.876. 生物3區 |
| 肺腺癌 | LncRNA | 廣西醫科大第一醫院 | 審稿 | World J Surg Oncol. IF: 2.754. 醫學4區 |
| 泛癌 | 單基因 | 弋磯山醫院 | 預印 | NA |
| 泛癌 | 活性評分 | 湘雅醫院 | 預印 | NA |
| 急性髓系白血病 | LASSO模型 | 南京鼓樓醫院 | 預印 | NA |
| 胰腺癌 | LncRNA | 仁濟醫院 | 預印 | NA |
| 胃癌 | 經典分型 | 鄭州大學第一醫院 | 預印 | NA |
| 透明細胞腎癌 | LASSO模型 | 南通大學 | 預印 | NA |
總結：
銅死亡這個概念的正式提出，也就是science那篇文章發表的日期是三月十八號。目前已發表的透明細胞腎癌應該是最早的一篇銅死亡生信文章，發表日期五月十號，時間不到兩個月。如果覺得從發現熱點到分析和投稿，兩個月已經很快了，那你可能低估了現在卷的程度。透明細胞腎癌那篇文章，雜志社顯示收到的日期是四月四號。也就是science文章發表后，大佬只花了不到17天就完成了分析和成稿。夸張點說，也就花了兩周。
當然了，有人歡喜有人愁。我們可以看到，南通大學同樣出了一篇透明細胞腎癌的銅死亡文章。最開始還顯示在投BMC bioinformatics，處于under review階段。不過目前已經沒有顯示文章狀態了，畢竟有人已經發表了，所以大概率是涼了。
另外一個值得關注的點，就是泛癌分析大概率已經卷沒了。銅死亡整體的泛癌刻畫已經出了；銅死亡最關鍵的調控因子FDX1也已經出了。
除此之外，胃癌的銅死亡文章同樣值得我們關注，文章思路就是當初為大家推薦的銅死亡相關疾病分型。并且本文添加了相應的濕實驗。從當初鐵死亡和細胞焦亡的情況來看，8分應該是穩的。兩個月的時間，生信分析，濕實驗，文章寫作能全部整完，不得不感嘆大佬的速度就是快。
接下來小編將針對這10篇文章，逐一為大家解析。當然了，撞車的小伙伴挑撞車的文章看就行了，每個類型的文章，小編會給出解決的方案。
文章列表：
Accept/published:
1.Comprehensive Analysis of Cuproptosis related genes in Immune Infiltration and Prognosis in Melanoma. 2022 May 19
2.A Novel Cuproptosis-Related Prognostic Gene Signature and Validation of Differential Expression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 10
Preprint:
1.A Pan-Cancer Analysis of prognosis and immunity of cuproptosis-related gene FDX1. 2022 May 16
2.Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators in cancer. 2022 May 13
3.A novel cuproptosis-related gene signature can predict prognosis in acute myeloid leukemia. 2022 May 10
4.Identification of the immune infiltration landscape and development of the prognostic signature on cuproptosis-related genes in colorectal cancer. 2022 May 11
5.Cuproptosis-related lncRNAs are correlated with metabolism and immune microenvironment and predict prognosis in pancreatic cancer patients. 2022 May 16
6.Identification of cuproptosis-related subtypes, construction of a prognostic model, and characterization of the tumor immune microenvironment in gastric cancer. 2022 May 16
7.Cuproptosis-related IncRNAs predict prognosis and immune reponse of lung adenocarcinoma IncRNAs predict lung adenocarcinoma. 2022 May 25
8.Comprehensive Analysis of Cuproptosis Regulators With Regard to prognostic and Immune Infiltration in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 12
已發表文章詳解：
1.Comprehensive Analysis of Cuproptosis related genes in Immune Infiltration and Prognosis in Melanoma. 2022 May 19
Accept
Journal: frontiers in pharmacology. IF: 5.81. 醫學2區
華山醫院
主要背景：
銅死亡是最近識別的銅依賴的調節性細胞死亡方式，然而在腫瘤發生中的作用還未可知。
主要內容：
銅死亡基因表達與預后；聚焦LIPT1；免疫檢查點與Treg細胞浸潤；免疫治療患者中表達水平；泛癌分析。
主要結論：
該研究表明了銅死亡相關基因在黑色素瘤中的預后價值，尤其是LIPT1。揭示了LIPT1與免疫特征的關系；為黑色素瘤的預后評估和免疫治療候選靶點提供了新的線索。
如果和這篇文章撞車，想調整還是比較麻煩的，因為在非免疫治療患者和免疫治療患者中都進行了分析。不過也不是沒有辦法，最簡單的方式就是和當前文章的組學避開。從公開數據來說，從基因組的角度研究這10個銅死亡基因是最省事的選擇。
2.A Novel Cuproptosis-Related Prognostic Gene Signature and Validation of Differential Expression in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 10
Published
Journal: genes. IF: 4.096. 生物學3區
浙江大學醫學院公共衛生學院健康科學大數據系
主要背景：
銅死亡是一種新的細胞死亡方式，然而腎透明細胞癌中銅死亡的臨床影響還未可知。
主要內容：
銅死亡相關基因表達和基因組改變；功能富集和PPI網絡；預后signature的構建與驗證（SIS+LASSO）；nomogram建立；表達水平獨立數據驗證；表達水平與免疫浸潤水平；表達水平與臨床病理特征。
主要結論：
該研究系統地分析了腎透明細胞癌中銅死亡基因改變和互作藍圖，表明銅死亡基因在腎透明細胞癌臨床結局中扮演了關鍵角色。文章結果為癌癥預防和治療中銅死亡相關的藥理和非藥理治療策略開發提供了新視角。
針對這篇文章，已經不用做假設了，南通大學那篇已經撞了。其實如果實驗過程都在的話，完全可以嘗試做腎嫌色細胞癌或者腎乳頭狀細胞癌，這樣改動的地方最小。如果不想換研究的疾病，在3-5的水平的前提下，針對銅死亡基因先識別分子亞型，再挑選亞型特征構建模型是最簡單的方式。
預印本文章詳解：
1.A Pan-Cancer Analysis of prognosis and immunity of cuproptosis-related gene FDX1. 2022 May 16
弋磯山醫院
Science原文刻畫的基因FDX1是銅死亡的核心
主要背景：
FDX1是science原文提到的key regulator。本文的主要背景和目的是FDX1作為銅死亡的關鍵調控基因，但是目前卻沒有泛癌的分析。作者的目的是采用生物信息學泛癌分析，探索FDX1在癌癥患者免疫機制中的影響以及預后價值。
主要內容：FDX1表達水平；表達與臨床病理特征的關系；表達與生存的關系；基因組改變；表達與其蛋白磷酸化關系；表達與其甲基化的關系；表達與免疫抗原和免疫相關基因的關系；與其共表達基因的GO&KEGG；高低表達間GSEA；PPI網絡。
主要結論：FDX1在一些腫瘤中能夠作為預后marker。
如果和這篇文章撞車的話，那基本就沒招了，因為另一篇泛癌的銅死亡文章刻畫的是全部銅死亡基因，連本文能否發表都是個問號。所以調整的方式可以將泛癌刻畫作為一個section放在最前面，選擇其中一個癌型進行后續的分析是比較可行的方式。
2.Pan-cancer analyses reveal molecular and clinical characteristics of cuproptosis regulators in cancer. 2022 May 13
湘雅醫院
主要背景：
銅死亡在癌癥中還沒有被闡明。新的細胞死亡機制往往能導致新的腫瘤治療靶點的識別和患者個性化治療的發展。為未來的研究提供初步的概述和參考點，作者在33個腫瘤的多組學視角中使用大數據對銅死亡調控因子的分子和臨床特征進行綜合評估。
主要內容：
銅死亡調控因子的體細胞改變landscape；銅死亡調控因子的表達模式以及銅死亡活性評分構建；銅死亡調控因子甲基化水平；非編碼RNA及TF調控網絡；銅死亡活性評分能夠預測患者預后；銅死亡活性評分與通路活性；銅死亡活性評分與免疫特征；銅死亡活性評分與化療藥物敏感性及免疫治療結局。
主要結論：
當前研究首次在33個腫瘤中綜合評估了銅死亡調控因子的臨床和分子特征，為將來銅死亡相關的研究提供了一個可用的資源和參考點。銅死亡與多個腫瘤相關通路和免疫特征相關，因此可能被用于開發新的策略來治療癌癥。
與上一篇文章的結論一致，如果泛癌撞車，可行的方式是將泛癌結果作為引子，選擇一個腫瘤做后續深入的分析。
3.A novel cuproptosis-related gene signature can predict prognosis in acute myeloid leukemia. 2022 May 10
南京鼓樓醫院
14個cuproptosis related genes?
主要背景：
銅死亡是銅依賴的程序性細胞死亡，然而AML中銅死亡相關基因的預后意義尚不清楚。
主要內容：
總體來說，就是基于銅死亡基因構建了AML預后模型
銅死亡相關基因表達水平；銅死亡相關基因預后價值；預后模型構建和驗證；模型功能分析；模型對于藥物敏感性的預測；模型免疫細胞浸潤分析。值得注意的是，本文的銅死亡相關基因有14個，且沒有說明這14個的來源。要知道，science原文提到的是10個。
主要結論：
研究表明銅死亡與AML密切相關。風險得分能夠很好地預測AML預后。
在說解決方案之前，本文的銅死亡基因本身就值得注意，來源不清晰。同樣的，如果和本文撞車，在3-5的水平的前提下，針對銅死亡基因先識別分子亞型，再挑選亞型特征構建模型是最簡單的方式。
4.Identification of the immune infiltration landscape and development of the prognostic signature on cuproptosis-related genes in colorectal cancer. 2022 May 11
盛京醫院
UNDER REVIEW
Journal: lipids in health and disease. IF: 3.876. 生物學3區
主要背景：
銅死亡是一種新的細胞死亡機制，額外的銅在TCA循環中與脂化蛋白直接結合，可導致線粒體功能障礙。然而，結直腸癌免疫微環境中銅死亡的影響還不清楚。研究旨在構建一個結直腸癌免疫治療預后signature并探索銅死亡相關基因的新模式。
主要內容：
文章算是兩條路線：1.銅死亡相關基因表達模式；銅死亡相關基因功能分析；預后銅死亡相關基因的nomogram；銅死亡相關signature構建；signature免疫治療應用；2.銅死亡相關基因分子亞型；亞型間功能；亞型間免疫浸潤。不過文章的signature缺少驗證。
主要結論：
為揭示結直腸癌中銅死亡與免疫微環境相關性的脆弱性提供了證據。
如果和本文撞車，考慮到結直腸癌本身就有很多臨床分型，選擇某一亞型進行分析是改動最小的。當然了，同樣也可以針對銅死亡基因先識別分子亞型，再挑選亞型特征構建模型是最簡單的方式。
5.Cuproptosis-related lncRNAs are correlated with metabolism and immune microenvironment and predict prognosis in pancreatic cancer patients. 2022 May 16
仁濟醫院
主要背景：
銅死亡作為一種新的細胞死亡通路，在胰腺癌中的調控機制還缺少研究。作者評估了銅死亡相關lncRNA是否能夠預測胰腺癌患者預后。
主要內容：
識別預后銅死亡相關lncRNA；構建和驗證銅死亡lncRNA預后模型；模型獨立性分析；nomogram建立；風險分組免疫力和腫瘤純度；差異基因和富集分析。
主要結論：
銅死亡相關lncRNA能夠用于預測胰腺癌患者預后，與腫瘤代謝和免疫微環境相關。
不管是lncRNA還是miRNA等非編碼RNA，其實都不建議在現有的研究基礎上做生信的分析。雖然從機制上講，非編碼RNA具有調控作用，而且對于現有的銅死亡基因，肯定能找到調控的非編碼RNA。但是目前銅死亡概念才剛提出，很難找到證據表明有非編碼RNA靶向銅死亡這個生物學過程。所以如果和本文撞車，建議直接研究銅死亡基因本身。
6.Identification of cuproptosis-related subtypes, construction of a prognostic model, and characterization of the tumor immune microenvironment in gastric cancer. 2022 May 16
鄭州大學附屬第一醫院
死亡方式經典分型思路
主要背景：
銅死亡是一種新發現的細胞死亡方式，胃癌中銅死亡與腫瘤免疫微環境和預后的關系還沒有被報道。
主要內容：
對應之前為大家整理的思路二，銅死亡相關分型。銅死亡相關基因突變和拷貝數改變；銅死亡亞型識別；亞型功能和腫瘤微環境刻畫；銅死亡預后差異基因分類；銅死亡預后風險評分構建與驗證；銅死亡基因表達水平濕實驗；風險分組間腫瘤微環境；風險評分與腫瘤特征；藥物敏感性；nomogram建立。
主要結論：
該研究在胃癌中確定了一個銅死亡相關基因的預后模型，綜合地建立了銅死亡與腫瘤免疫的關系。
如果和這篇文章撞車，在分子分型上已經很難有空間了，畢竟本文的內容是比較完備的。可以嘗試的方向是以銅死亡過程活性量化為出發點。或者基于目前公開數據出發，從基因組層面研究免疫治療隊列的銅死亡。
7.Cuproptosis-related IncRNAs predict prognosis and immune reponse of lung adenocarcinoma IncRNAs predict lung adenocarcinoma. 2022 May 25
廣西醫科大學附屬第一醫院
UNDER REVIEW
World journal of surgical oncology, IF: 2.754. 醫學4區
主要背景：
銅死亡是一種新的細胞死亡方式，探索癌癥中銅死亡的作用對于臨床應用具有巨大潛能。銅死亡相關的lncRNA在肺腺癌中可能具有臨床診斷和治療潛能。
主要內容：
銅死亡相關lncRNA的識別和預后signature構建；signature生存分析；signature獨立性分析；nomogram建立與PCA；功能富集與免疫相關功能分析；TMB與藥物敏感性。
主要結論：
包含16個銅死亡相關lncRNA的signature能夠準確地預測肺腺癌患者預后，對臨床應用和免疫治療可能提供了新的視角。
本文同樣是lncRNA的類型，解決方案和前面提到的一致，建議直接研究銅死亡基因本身。
8.Comprehensive Analysis of Cuproptosis Regulators With Regard to prognostic and Immune Infiltration in Clear Cell Renal Cell Carcinoma. 2022 May 12
南通大學
之前在投BMC bioinformatics，處于under review；目前應該是被拒了
主要背景：
銅死亡是一種最近發現的新細胞死亡方式，在腫瘤中扮演了重要角色。然而，銅死亡相關基因的預后價值在腎透明細胞癌中還未闡明。
主要內容：
銅死亡相關基因表達水平；表達水平與臨床病理相關性；功能富集分析；預后分析；銅死亡預后模型構建；nomogram建立；模型與免疫浸潤；銅死亡相關基因與其他免疫特征。
主要結論：
該研究在腎透明細胞癌中綜合地分析了銅死亡相關基因的預后和免疫浸潤影響，識別了5基因的預后生物標志物，為腎透明細胞癌中銅死亡的功能提供了重要證據。
針對這篇透明細胞腎癌的文章，正如前文所說，研究其他病理亞型的腎癌或者做分子分型的研究是最快捷的方式。
銅死亡破圈解決方案
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