哈嘍,小伙伴們,作為科研人的你,是不是還在為想不出新的idea苦苦思索,是不是還在為高分文章而頻頻脫發。今天,小編為大家介紹一個具有發表高分文章潛力的研究熱點——趨化因子,走過路過不要錯過,快來瞅瞅吶!
小編主要從以下三個方面介紹:
1、什么是趨化因子
2、趨化因子與腫瘤具有什么關系
3、為何利用生物信息分析趨化因子
什么是趨化因子?
趨化因子是一組低分子量(約8~12kDa)的細胞因子,調節免疫細胞的運輸與分化,是免疫系統功能行使的核心。基于其主要蛋白質結構的前兩個半胱氨酸殘基的位置,可分為4個不同的亞家族:C、CC、CXC、CX3C。基于其功能,可分為內穩態趨化因子和炎癥趨化因子。
主要功能
器官發育:在器官發育和血管生成過程中引導干細胞遷移到適當的位置;介導細胞增殖;介導淋巴細胞的成熟。
免疫監視:介導免疫細胞在健康外周組織中的穩態,維持免疫耐受。
組織更新再生:引導干細胞和祖細胞遷移,以促進損傷后的組織更新或再生;促進愈合過程中的血管生成;促進上皮、內皮、間充質的愈合。
宿主防御:促進先天免疫細胞募集至感染部位,防止微生物傳播;調節適應性免疫反應,包括免疫激活和免疫記憶;調控效應細胞功能和在外周組織的存活。
趨化因子與腫瘤具有什么關系?
多數研究已經確定趨化因子及其同源趨化因子受體在癌癥進展和治療結果中發揮作用,參與腫瘤生長、存活、腫瘤細胞轉移和血管生成。今年發表在Science Immunology上的一篇文章CXCL9 and CXCL10 bring the heat to tumors(IF 30+)重點介紹了趨化因子CXCL9和CXCL10與腫瘤的關系,文章表示促進免疫細胞向腫瘤募集的一個主要因素是趨化因子的產生,CXCL9和CXCL10的產生是T細胞浸潤的一個重要組成部分,可激發趨化因子網絡和“熱”腫瘤微環境。因此,促進產生這些趨化因子的髓細胞的招募的治療干預措施,以及觸發產生這些趨化因子的先天免疫途徑激活因子,有可能在臨床中廣泛擴大免疫治療的療效。

為何利用生物信息分析趨化因子?
Pubmed檢索“chemokines”,近10年有67001篇文章,其中review 7830篇,文章數量是逐年上升的(圖1)。Pubmed檢索“(chemokines) AND (bioinformatics)”,近10年僅有2774篇文章,文章數量也是逐年上升的(圖1)。可見,利用生物信息分析趨化因子是很有價值的。

關注趨化因子研究的小伙伴們機會來了~
在不同類型的趨化因子中,CXC趨化因子在腫瘤發生中的作用最為顯著。剛剛簡單的為大家介紹了趨化因子與腫瘤的關系,那么怎么利用生物信息分析趨化因子呢?小編找到了一篇趨化因子的生信綜合分析文章,最適合大家參考。文章于今年4月發表于BMC Medical Genomics雜志(IF:3.622)。

研究背景
胰導管腺癌(PDAC)是一種高致死率的惡性腫瘤,占胰腺癌的85%以上。2020年,癌癥統計數據顯示,與胰腺癌相關的新增病例為60430例,死亡病例為48220例。在過去的十年中,在晚期疾病的診斷和治療方面取得的進展只在患者預后方面取得了有限的增量進展。患者生存時間未明顯延長,預后較差,5年生存率低于10%。這些數據說明迫切需要對PDAC進行創新治療。
CXC家族的趨化因子(CXCL1-CXCL17)是小的(8~10 kDa)分泌蛋白,對炎癥和抗腫瘤免疫至關重要。結直腸癌的研究表明,腫瘤微環境(TME)中的趨化因子經常發生改變,從而影響腫瘤的增殖和轉移。李煜等人系統分析了結直腸癌中CXC趨化因子的表達及預后價值,發現CXCL1、CXCL2、CXCL3、CXCL5和CXCL8的表達增加,提示它們可作為潛在的治療靶點和預后因素,并參與抗腫瘤免疫應答。研究還表明,CXC趨化因子可導致癌癥的促進或抑制,這主要取決于抑制或刺激免疫系統作用的能力。然而,PDAC中CXC趨化因子的作用尚未闡明。因此,在本研究中分析了CXC趨化因子家族的mRNA表達及其與PDAC特征的相關性。進一步闡明了胰腺癌TME中CXC趨化因子與免疫細胞浸潤的相關性,提高PDAC患者的治療方案和預后的準確性,為PDAC的預后生物標志物和治療靶點提供更多的數據。
研究方法
1、表達分析
2、生存分析
3、基因突變,共表達和相互作用分析
4、癌癥相關途徑及藥物敏感性分析
5、富集分析
6、免疫浸潤分析
7、免疫檢查點相關性分析
研究結果:
1、 PDAC中CXC趨化因子表達



2、CXC趨化因子在PDAC中的預后價值

3、PDAC中CXC趨化因子的基因改變、共表達、相互作用分析、癌癥相關途徑及藥敏分析

4、PDAC中CXC趨化因子的富集分析



5、PDAC中CXC趨化因子免疫浸潤分析、免疫檢查點的相關性分析


總結:
文章通過對PDAC中CXC趨化因子的表達分析、生存分析、基因突變、共表達和相互作用分析、癌癥相關途徑和藥物敏感性分析、富集分析、免疫浸潤分析和免疫檢查點分析,為CXC趨化因子的表達及其在PDAC免疫微環境中的作用提供了新的見解,為PDAC的預后生物標志物和治療靶點提供更多的數據。
那么趨化因子在其它癌癥中的免疫微環境中是否也發揮作用呢?答案是肯定的。另外,趨化因子在其它人類疾病中同樣起到重要作用,例如HIV感染、心血管疾病等。生物信息結合趨化因子的文章立意及創新思路是具有挖掘價值的,有想法的小伙伴們快快行動起來吧!